主要有以下几个方面：

1、 被动性：搜索引擎会不定期地改进算法，这就要求对网站进行及时的调整以迎合新算法，这样才能长久享受搜索引擎带来的好处；

2、 不确定性，搜索引擎优化人员并不是搜索引擎的开发者，与搜索引擎也没又有什么密切的关系，所以并不能向任何人保证在指定的时间内，实现某一关键字的指定排名；

3、 施工时间长，从开始对网站进行优化到实现关键字的目标排名，一般需要2-6个月。对于竞争十分激烈的关键字，还可能更长；

尽管SEO有很明显的缺点，但是作为主要的搜索引擎营销方式之一，SEO必定有着很特别的魅力，SEO除了具备搜索引擎营销的优点外，下面介绍几种SEO的优点：

1、 不要承担“无效点击”风险。不管点击网站的是潜在客户还是竞争对手，我们都不需要为此付出任何代价；

2、 持久性，一般情况下，采用正规的优化网站方法，排名效果比较稳定。除非搜索引擎算法发生重大的改变或者强大的竞争对手后来居上，否则不会又太大的变化；

3、成本较低，从某个角度上看，SEO是一种“免费”的搜索引擎营销方式。对于个人网站来说，只要站长掌握一定的搜索引擎优化技术即可。对于企业来说，成本主要来自于从事搜索引擎优化员工的薪酬或雇佣专业搜索引擎优化公司所花的费用。